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銀行納稅賬戶辦理
納稅人須按稅務機關的規定，在實行與稅務局電腦聯網的銀行中選擇一家開設納稅帳戶，并簽訂《委托銀行劃繳稅款協議書》（以下簡稱扣稅協議）。同時將《委托銀行劃繳稅款協議書》報送辦稅大廳指定窗口進行資料錄入。納稅人在每月申報納稅前，必須在納稅帳戶存足應申報繳納的稅款。納稅人辦理納稅申報后，稅務機關將通過銀行直接從其納稅帳戶中劃轉稅款。
納稅人與銀行簽訂扣稅協議
納稅人先與銀行簽訂扣稅協議，銀行將有關信息錄入其系統。納稅人持協議書一聯到其主管稅務機關辦理手續，稅務人員將協議信息錄入系統。納稅人與全市放開的扣稅網點簽定的協議在全市有效，納稅人在深圳市地方稅務局任何一個征收點繳納稅款都可以使用該協議賬號。
扣稅協議的變更和撤消
（1）納稅人與已實現全市放開扣稅網點的銀行簽訂協議的處理方法。已經實行全市放開扣稅網點的銀行，納稅人只要與該銀行新簽訂扣稅協議，系統將自動取消納稅人以前簽訂的所有扣稅協議，此帳戶作為深圳市地方稅務局各征收點的唯一扣款帳戶。
（2）納稅人與暫未實現全市放開扣稅網點的銀行簽訂協議的處理方法。由納稅人與原扣稅銀行取消扣款協議，再與變更后的銀行重新簽定協議。
（3）協議撤銷的處理方法。在主管區局可以撤銷納稅人的扣款賬戶協議。考慮到方便納稅人繳納稅款和使用網上申報功能，原則上不允許正常經營的納稅人撤消銀稅扣款協議；需要現金繳納稅款的，系統仍然支持已經簽訂聯網扣稅協議的納稅人采用現金（含POS、轉賬）繳納的方式。
委托收款憑證的傳遞
納稅人申報完并成功扣繳稅款后，由銀行打印出《委托收款憑證》，對《委托收款憑證》的領取方式與地點，由納稅人向銀行確認。
銀行扣稅網點
（1）全面放開的銀行扣稅網點
中國工商銀行、中國銀行、中國農業銀行、中信銀行、中國建設銀行、廣東發展銀行、招商銀行、中國民生銀行、中國平安銀行。以上銀行的深圳分行轄內所有營業網點為稅銀聯網扣稅網點。
以后將會再推出2家銀行：交通銀行、深圳發展銀行。
（2）未實現全面放開的銀行扣稅網點
深圳市羅湖區地方稅務局：深圳發展銀行紅寶支行
深圳市福田區地方稅務局：交通銀行深圳分行上步支行；深圳發展銀行紅寶支行
深圳市南山區地方稅務局：深圳發展銀行南頭支行
深圳市蛇口地方稅務局：深圳發展銀行蛇口支行
深圳市鹽田區地方稅務局：交通銀行沙頭角支行
深圳市寶安區地方稅務局：深圳發展銀行寶安支行（包括西鄉、新安、福永、松崗的分點）；深圳發展銀行龍華支行（只限龍華）；深圳發展銀行觀瀾支行（只限觀瀾）。