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外商投資企業財政登記管理實行屬地管理原則，龍華新區發展和財政局負責對本轄區的《外商投資企業財政登記證》進行登記和管理，具體程序如下：
一、新辦登記
新設立的外商投資企業（含臺、港、澳企業、外商投資股份公司、外商銀行分行、外商保險分公司）等，在完成工商登記、領取營業執照及國稅、地稅登記證，辦妥外匯登記證及銀行開戶（含驗資戶）后30天內，須辦理財政登記證（注冊資本在100萬美元及以上的，到市行政服務大廳西廳27號辦理；注冊資本在100萬美元以下的，按注冊區域辦理）。具體報送材料如下：
（一）《外商投資企業財政登記表》一份；
（二）營業執照副本原件、復印件；
（三）批文、批準證書原件、復印件；
（四）章程、合同原件及復印件（外商獨資企業免交合同）；
（五）國稅、地稅登記證副本原件、復印件；
（六）人民幣開戶許可證原件、復印件。
二、變更登記
外商投資企業變更后，應在辦理國稅、地稅變更手續后30天內辦理財政登記證變更（須到原發證機關辦理）。具體報送材料如下：
（一）填寫《外商投資企業財政登記變動表》一式兩份；
（二）原《外商投資企業財政登記證》正、副本；
（三）工商變更通知書原件、復印件；
（四）營業執照副本原件、復印件；
（五）批文、批準證書原件、復印件；
（六）補充章程、補充合同原件、復印件（外商獨資企業免交補充合同）；
（七）國稅、地稅登記證副本原件、復印件；
（八）變更財務負責人的須提交董事會決議原件；
（九）變更股權的須提交股權轉讓協議原件、復印件。
三、注銷登記
（一）外商投資企業經營期滿或提前中止經營，應在辦理國稅、地稅注銷手續后30天內，辦理財政登記證注銷手續（須到原發證機關辦理）。具體報送材料如下：
1、清算委員會對資產、債權、債務的處理意見原件；
2、解散、清算會計報表及注冊會計師事務所出具的審計報告原件；
3、國稅、地稅注銷通知書原件、復印件；
4、外商投資企業財政登記證正、副本。
（二）外商投資企業轉為內資企業時，應在辦理國稅、地稅變更手續后30天內，辦理財政登記證注銷手續（須到原發證機關辦理）。具體報送材料如下：
1、工商變更通知書原件、復印件；
2、批文原件、復印件；
3、國稅、地稅登記證副本原件、復印件（轉為內資后的）；
4、股權轉讓協議或終止協議；
5、外商投資企業財政登記證的正、副本。
（三）外商投資企業由深圳遷移至其他城市時，應在辦理國稅、地稅變更手續后30天內，辦理財政登記證注銷手 續。具體報送材料如下：
1、工商遷移通知書原件、復印件；
2、批文原件、復印件；
3、國稅、地稅注銷通知書原件、復印件；
4、申請報告（經所有董事會成員簽字通過的）；
5、外商投資企業財政登記證正、副本。